In 1580 werd er voor de kerk een positief aangeschaft, dat op een praam werd aangevoerd. In de rekeningen wordt enkele malen “Jarich speelman” genoemd, die geld ontving “omdat hij meinich mael gespeelt heeft tot onses in den kerck”.
Aangenomen wordt dat het positief met de Reformatie is verdwenen. Pas in 1735 kreeg de kerk weer een orgel. Daarmee ging de wens in vervulling van de twintigjarige student Claes Grons, die hij in 1734 had geuit op zijn sterfbed: “dat uit zijn goederen een orgel zal worden bekostigd voor de kerk te Burgwerd”. Zijn moeder Yttje Buwalda heeft hiervoor gezorgd. Een tekstbord op de galerij herinnert hier nog aan.
Het orgel werd gebouwd door de in Leeuwarden gevestigde Johann Michaëll Schwartzburg, die een knecht was geweest van de beroemde orgelbouwer Christian Müller. Het werd in 1736 opgeleverd en gekeurd door Rynoldus Popma van Oevering, organist te Leeuwarden. Op 24 juni van dat jaar werd het orgel in gebruik genomen.
De orgelkas en de borstwering hebben een rijke barokversiering. Op een bord boven de deuren in de kerkruimte wordt melding gemaakt van de bouw door Schwartzburg en de vernieuwing en reparatie in 1822 door de orgelbouwers L. en J. van Dam. In 1948 werd het instrument gerestaureerd en uitgebreid met een tweede manuaal en vrij pedaal door de orgelbouwer fa. Flentrop uit Zaandam. Van 2010 tot 2012 is het orgel door de orgelbouwers fa. Flentrop uit Zaandam grondig gerestaureerd en teruggebracht in de oorspronkelijke staat met één klavier en een pedaal, zoals origineel bedoeld. Ook waren de oudste verflagen terug te vinden en is het orgel geschilderd in deze kleuren. Het orgel heeft nu de klank en de uitstraling terug van 1736.